分子フォーマットコンバータ

選択入力と出力に含ま形式は。下の領域に分子内または分子ペースト/タイプを持つファイルをアップロードし、押し 'は変換！'ボタンをクリックします。

入力形式の分子
3 water molecule (example of xyz input) O 0 0 0 H 0 0 1 H 0 1 0
入力形式
出力形式
オプション	中心座標水素を追加水素を削除

分子フォーマットコンバータの使用

このツールは、計算化学や分子モデリングで一般的に使用されるさまざまなファイル形式間で分子構造データを変換します。ファイルをアップロードするか、分子データをテキスト領域に直接貼り付けることができます。

入力形式を選択し、分子データを貼り付けまたはアップロードし、希望の出力形式を選択して「変換」をクリックするだけで、変換された構造が得られます。

変換オプション

中心座標

分子構造を原点（0,0,0）に中央揃えします。分子の位置を標準化するのに役立ちます。

水素を加える

化学的に適切な場合に、構造に水素原子を自動的に追加します。水素原子が明示的に含まれていない形式から変換する場合に便利です。

水素を削除

構造からすべての水素原子を削除します。簡略化された表現を作成したり、ファイルサイズを縮小したりするのに役立ちます。

入力例

XYZ形式の例

3
water molecule
O  0.000000  0.000000  0.000000
H  0.000000  0.000000  1.000000
H  0.000000  1.000000  0.000000

最初の行: 原子の数、2行目: タイトル/コメント、次の行: 原子記号と x,y,z 座標

SMILES形式の例

CCO

エタノールを表す：暗黙の水素を含むCCO

MOL形式の例

  Mrv2014 01012100002D          

  3  2  0  0  0  0            999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0000    0.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.0000    1.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0
M  END

原子座標と結合接続情報が含まれています

最良の結果を得るためのヒント

入力形式の選択が実際のデータ形式と一致していることを確認してください
2Dから3Dへの変換では、変換後に座標の最適化が必要になる場合があります。
計算化学形式に変換する場合は、電荷と多重度を確認してください。
大きな構造は処理に時間がかかる場合があります。複雑な分子の場合は忍耐が必要です。
一部の形式変換では情報が失われる場合があります（例：XYZ形式の債券注文）
出力構造が化学的に妥当であることを常に検証する

ファイルサイズの制限

最大ファイルサイズは 1,024 KB. ファイルが大きい場合は、小さな構造に分割するか、デスクトップソフトウェアを使用することを検討してください。

サポートされている分子フォーマットの完全なリスト

このコンバーターは、OpenBabelを介して100種類以上の分子ファイル形式をサポートしています。以下の表は、利用可能なすべての形式とその機能を示しています。

形式	説明	入力	出力
abinit	ABINIT Output Format	✓
acesin	ACES input format		✓
acesout	ACES output format	✓
acr	ACR format	✓
adf	ADF cartesian input format		✓
adfband	ADF Band output format	✓
adfdftb	ADF DFTB output format	✓
adfout	ADF output format	✓
alc	Alchemy format	✓	✓
aoforce	Turbomole AOFORCE output format	✓
arc	Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format	✓
ascii	ASCII format		✓
axsf	XCrySDen Structure Format	✓
bgf	MSI BGF format	✓	✓
box	Dock 3.5 Box format	✓	✓
bs	Ball and Stick format	✓	✓
c09out	Crystal 09 output format	✓
c3d1	Chem3D Cartesian 1 format	✓	✓
c3d2	Chem3D Cartesian 2 format	✓	✓
cac	CAChe MolStruct format		✓
caccrt	Cacao Cartesian format	✓	✓
cache	CAChe MolStruct format		✓
cacint	Cacao Internal format		✓
can	Canonical SMILES format	✓	✓
car	Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format	✓
castep	CASTEP format	✓
ccc	CCC format	✓
cdjson	ChemDoodle JSON	✓	✓
cdx	ChemDraw binary format	✓
cdxml	ChemDraw CDXML format	✓	✓
cht	Chemtool format		✓
cif	Crystallographic Information File	✓	✓
ck	ChemKin format	✓	✓
cml	Chemical Markup Language	✓	✓
cmlr	CML Reaction format	✓	✓
cof	Culgi object file format	✓	✓
com	Gaussian Input		✓
confabreport	Confab report format		✓
CONFIG	DL-POLY CONFIG	✓	✓
CONTCAR	VASP format	✓	✓
CONTFF	MDFF format	✓	✓
copy	Copy raw text		✓
crk2d	Chemical Resource Kit diagram(2D)	✓	✓
crk3d	Chemical Resource Kit 3D format	✓	✓
csr	Accelrys/MSI Quanta CSR format		✓
cssr	CSD CSSR format		✓
ct	ChemDraw Connection Table format	✓	✓
cub	Gaussian cube format	✓	✓
cube	Gaussian cube format	✓	✓
dallog	DALTON output format	✓
dalmol	DALTON input format	✓	✓
dat	Generic Output file format	✓
dmol	DMol3 coordinates format	✓	✓
dx	OpenDX cube format for APBS	✓	✓
ent	Protein Data Bank format	✓	✓
exyz	Extended XYZ cartesian coordinates format	✓	✓
fa	FASTA format	✓	✓
fasta	FASTA format	✓	✓
fch	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
fchk	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
fck	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
feat	Feature format	✓	✓
fh	Fenske-Hall Z-Matrix format		✓
fhiaims	FHIaims XYZ format	✓	✓
fix	SMILES FIX format		✓
fps	FPS text fingerprint format (Dalke)		✓
fpt	Fingerprint format		✓
fract	Free Form Fractional format	✓	✓
fs	Fastsearch format	✓	✓
fsa	FASTA format	✓	✓
g03	Gaussian Output	✓
g09	Gaussian Output	✓
g16	Gaussian Output	✓
g92	Gaussian Output	✓
g94	Gaussian Output	✓
g98	Gaussian Output	✓
gal	Gaussian Output	✓
gam	GAMESS Output	✓
gamess	GAMESS Output	✓
gamin	GAMESS Input	✓	✓
gamout	GAMESS Output	✓
gau	Gaussian Input		✓
gjc	Gaussian Input		✓
gjf	Gaussian Input		✓
got	GULP format	✓
gpr	Ghemical format	✓	✓
gr96	GROMOS96 format		✓
gro	GRO format	✓	✓
gukin	GAMESS-UK Input	✓	✓
gukout	GAMESS-UK Output	✓	✓
gzmat	Gaussian Z-Matrix Input	✓	✓
hin	HyperChem HIN format	✓	✓
HISTORY	DL-POLY HISTORY	✓
inchi	InChI format	✓	✓
inchikey	InChIKey		✓
inp	GAMESS Input	✓	✓
ins	ShelX format	✓
jin	Jaguar input format	✓	✓
jout	Jaguar output format	✓
k	Compare molecules using InChI		✓
lmpdat	The LAMMPS data format		✓
log	Generic Output file format	✓
lpmd	LPMD format	✓	✓
mae	Maestro format	✓	✓
maegz	Maestro format	✓	✓
mcdl	MCDL format	✓	✓
mcif	Macromolecular Crystallographic Info	✓	✓
MDFF	MDFF format	✓	✓
mdl	MDL MOL format	✓	✓
ml2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
mmcif	Macromolecular Crystallographic Info	✓	✓
mmd	MacroModel format	✓	✓
mmod	MacroModel format	✓	✓
mna	Multilevel Neighborhoods of Atoms (MNA)		✓
mol	MDL MOL format	✓	✓
mol2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
mold	Molden format	✓	✓
molden	Molden format	✓	✓
molf	Molden format	✓	✓
molreport	Open Babel molecule report		✓
moo	MOPAC Output format	✓
mop	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mopcrt	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mopin	MOPAC Internal	✓	✓
mopout	MOPAC Output format	✓
mp	Molpro input format		✓
mpc	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mpd	MolPrint2D format		✓
mpo	Molpro output format	✓
mpqc	MPQC output format	✓
mpqcin	MPQC simplified input format		✓
mrv	Chemical Markup Language	✓	✓
msi	Accelrys/MSI Cerius II MSI format	✓
msms	M.F. Sanner's MSMS input format		✓
nul	Outputs nothing		✓
nw	NWChem input format		✓
nwo	NWChem output format	✓
orca	ORCA output format	✓
orcainp	ORCA input format		✓
out	Generic Output file format	✓
outmol	DMol3 coordinates format	✓	✓
output	Generic Output file format	✓
paint	Painter format		✓
pc	PubChem format	✓
pcjson	PubChem JSON	✓	✓
pcm	PCModel Format	✓	✓
pdb	Protein Data Bank format	✓	✓
pdbqt	AutoDock PDBQT format	✓	✓
png	PNG 2D depiction		✓
pointcloud	Point cloud on VDW surface		✓
pos	POS cartesian coordinates format	✓
POSCAR	VASP format	✓	✓
POSFF	MDFF format	✓	✓
pov	POV-Ray input format		✓
pqr	PQR format	✓	✓
pqs	Parallel Quantum Solutions format	✓	✓
prep	Amber Prep format	✓
pwscf	PWscf format	✓
qcin	Q-Chem input format		✓
qcout	Q-Chem output format	✓
report	Open Babel report format		✓
res	ShelX format	✓
rinchi	RInChI		✓
rsmi	Reaction SMILES format	✓	✓
rxn	MDL RXN format	✓	✓
sd	MDL MOL format	✓	✓
sdf	MDL MOL format	✓	✓
siesta	SIESTA format	✓
smi	SMILES format	✓	✓
smiles	SMILES format	✓	✓
smy	SMILES format using Smiley parser	✓
stl	STL 3D-printing format		✓
svg	SVG 2D depiction		✓
sy2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
t41	ADF TAPE41 format	✓
tdd	Thermo format	✓	✓
text	Read and write raw text	✓	✓
therm	Thermo format	✓	✓
tmol	TurboMole Coordinate format	✓	✓
txt	Title format	✓	✓
txyz	Tinker XYZ format	✓	✓
unixyz	UniChem XYZ format	✓	✓
VASP	VASP format	✓	✓
vmol	ViewMol format	✓	✓
wln	Wiswesser Line Notation	✓
xed	XED format		✓
xml	General XML format	✓
xsf	XCrySDen Structure Format	✓
xyz	XYZ cartesian coordinates format	✓	✓
yob	YASARA.org YOB format	✓	✓
zin	ZINDO input format		✓

注記： 画像形式 (PNG、SVG) および 3D 印刷形式 (STL) は出力のみで、座標データではなく分子構造の視覚的表現または 3D モデルを生成します。

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